RNA-seq データはほとんどの場合複数のデータがセットになっている。それぞれについて上のように処理して gtf ファイルができる。次のステップの処理のためにそれらの gtf ファイルを結合 merge する必要がある。 まず、mergelist.txt というファイルを作る。
crossmap プロジェクト の README.txt の無料ダウンロードページ。!CrossMap はゲノムの座標とアセンブリ間の genomeannotation ファイルの変換の便利なプログラムです (例えば. GRCh36/hg18 GRCh37/hg19 をから持ち上げる)。BAM、サム、ベッド、小刻みに動く、大物、GFF、ファイルをサポートして GTF 形式。 今回ダウンロードしたのはRattus norvegicusのEnsembl（Rnor_6.0）をダウンロードして使っている。 同じダウンロードファイル内にあるgtfファイルで一般的なRNA-seq解析パイプラインを動かしていた。 こうしたアノテーションファイルはbedファイルやgvfファイルなどのフォーマットとなっており、インポートすることが可能です。 他にも様々なファイルをインポートすることが可能ですが、対象となるゲノムトラックが必要となります。 •vcf •gff/gtf/gvf 3 posts published by nakazy1980 on June 10, 2020 STARindexのダウンロードも計算ノードからやってみたけど計算ノードはグローバルアドレスを付与されていないらしく 外のネットワークからファイルをダウンロードするとかえって遅いらしい。 ここはログインノードでwgetしときゃよかったかも。
調べた限りで思いついたこととしては、ensemblからexonの位置がannotateされたgtfファイルをダウンロードする（ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-100/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.100.abinitio.gtf.gz）→このファイルからは遺伝子名も配列も分からないので、Genomeブラウザに染色体番号と遺伝子座を入力して、実際の配列を逐一チェック 送を行う．今回は，スパコン上でデータをダウンロードし，解凍して作業を進める． ファイル転送 遺伝研スパコンにデータを転送する． 1. FileZilla,WinScpなどのファイル転送ソフトによって，データ転送を行う． 2. scpコマンドによるファイル転送 RNA-seq データはほとんどの場合複数のデータがセットになっている。それぞれについて上のように処理して gtf ファイルができる。次のステップの処理のためにそれらの gtf ファイルを結合 merge する必要がある。 まず、mergelist.txt というファイルを作る。 ⇒目的に応じて、gencode / Ensemblなどの他のgtfファイルを利用することも可。ただ、多くのIsoformが登録されているので、どこまで正確に各Isoformごとの定量値を見積もることができるのか疑問。（そもそも、Isoformごとの正確な定量値を必要なのかどうかにもよる。 例 2: RafSeq データを GTF ファイルで取得． 転写因子の予測結合領域を調べる. 結合解析ウェブアプリケーションである Galaxy を使います． hg38 の fasta と gtf/gff3. Table Browser から gtf ファイルをダウンロード。これを gffread を用いて、gff3 に変換。
2017/06/11 Ensembl チュートリアル Ensemblはゲノム解読された真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をデータベースとして公 開している EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めているプロジェクトです。NCBI MapViewerのようにゲノム 2017/06/07 UCSC genome browserからGTF, BED, FASTAなど様々な形式のファイルをダウンロードする（2） 前回に引き続き、UCSC genome browserの「Table browser」の活用についての説明です。 前回紹介したもの以外にも使えるデータや小技 2017/04/01 Ensembl GTF-3 UCSC refflat こちらに記載手順でのrefFlatをパイプラインP000000911でGTFに変換します tar xvzfコマンドを実行時に、先ほど調べたファイルの場所を指定すると、そのファイルのみ、圧縮されたデータファイルの中から抽出
Ensembl Archiveの場所 (0:50) 2. どのようなゲノム配列がアーカイブされているか調べる (1:48) 3. ある遺伝子に対応する過去のゲノムバージョンのエントリを調べる (3:08) 次世代シーケンサー技術 Shendure & Ji, Nature Biotech., 26, 1135-1145, 2008 サンプルDNAの 断片化 アダプター配列の付加 アダプター配列を介して、 1. configファイルの編集（snpeffファイル内にsnpEffect.configがあるので、それを編集します）。 vi snpEffect.config snpEffect.configの下のほうに「Database: Not from ENSEMBL」というところがあるので、そこに以下のように真似をして、ゲノムの名前やバージョンを記入します。 Contribute to nibb-gitc/gitc2016sep-rnaseq development by creating an account on GitHub. ディレクトリやファイルの名前（my_project/, input.txt, output.txt）は適宜変更する。 ファイルのサイズに注意する（10MBを上限とする）。 data/内のデータ・ファイルは提出しなくてもよい。 data/内のファイルを除外して圧縮するzipコマンドの例: crossmap プロジェクト の NCBI36_to_GRCh38.chain.gz の無料ダウンロードページ。!CrossMap はゲノムの座標とアセンブリ間の genomeannotation ファイルの変換の便利なプログラムです (例えば. GRCh36/hg18 GRCh37/hg19 をから持ち上げる)。BAM、サム、ベッド、小刻みに動く、大物、GFF、ファイルをサポートし
拡張子.EMFを持つファイルを開いたり、変換する方法を学ぶ。 情報を読み、.EMFファイルエラーを修正してください。 EMFは、Windowsオペレーティングシステムで使用されているベクターグラフィックファイル形式で、1993年にMicrosoftによって開発されまし …
